rna探针是一类很有前途的核酸探针，由于rna是单链分子，所以它与靶序列的杂交反应效率极高。早期采用的rna探针是细胞mrna探针和病毒rna探针，这些rna是在细胞基因转录或病毒复制过程中得到标记的，标记效率往往不高，且受到多种因素的制约。这类rna探针主要用于研究目的，而不是用于检测。例如，在筛选逆转录病毒人类免疫缺陷病毒（hiv）的基因组dna克隆时，因无dna探针可利用，就利用hiv的全套标记mrna作为探针，成功地筛选到多株hiv基因组dna克隆。又如进行中的转录分析（nuclearrunontranscrip－tionassay）时，在体外将细胞核分离出来，然后在α-32p-atp的存在下进行转录，所合成mr－na均掺入同位素而得到标记，此混合mrna与固定于硝酸纤维素滤膜上的某一特定的基因的dna进行杂交，便可反映出该基因的转录状态，这是一种反向探针实验技术。

　　近几年体外转录技术不断完善，已相继建立了单向和双向体外转录系统。该系统主要基于一类新型载体psp和pgem，这类载体在多克隆位点两侧分别带有sp6启动子和t7启动子，在sp6rna聚合酶或t7rna聚合酶作用下可以进行rna转录，如果在多克隆位点接头中插入了外源dna片段，则可以此dna两条链中的一条为模板转录生成rna。这种体外转录反应效率很高，在1h内可合成近10μg的rna产生，只要在底物中加入适量的放射性或生物素标记的ntp，则所合成的rna可得到高效标记。该方法能有效地控制探针的长度并可提高标记物的利用率。

　　值得一提的是，通过改变外源基因的插入方向或选用不同的rna聚合酶，可以控制rna的转录方向，即以哪条dna链以模板转录rna。这种可以得到同义rna探针（与mrna同序列）和反义rna探针（与mrna互补），反义rna又称crna，除可用于反义核酸研究外，还可用于检测mrna的表达水平。在这种情况下，因为探针和靶序列均为单链，所以杂交的效率要比dna-dna杂交高几个数量级。rna探针除可用于检测dna和mrna外，还有一个重要用途，在研究基因表达时，常常需要观察该基因的转录状况。在原核表达系统中外源基因不仅进行正向转录，有时还存在反向转录（即生成反义rna），这种现象往往是外源基因表达不高的重要原因。另外，在真核系统，某些基因也存在反向转录，产生反义rna，参与自身表达的调控。在这些情况下，要准确测定正向和反向转录水平就不能用双链dna探针，而只能用rna探针或单链dna探针。